La sua storia documentata inizia nel 726 d.c., quale donazione al Patrimonio di San Pietro in Tuscia.

Non si puo' escludere pero' che gia' nel 534 d.c., anno di uccisione della regina degli Ostrogoti Amalasunta, gia' relegata nell'isola Martana dal cugino Teodato per ragioni di successione al trono, Marta potesse essere un piccolo centro sulle rive del lago di Bolsena.

Alcuni studiosi le attribuiscono origini storiche antichissime facendola risalire al periodo fenicio, dal quale avrebbe derivato il nome di Marath.

Altri sostengono che abbia anche avuto origini etrusche.

Dal XIII secolo sino alla sua annessione al regno d'Italia, Marta ebbe una storia travagliata, contesa fra Stati limitrofi e famiglie potenti passo' da una dominazione all'altra subendo le immancabili e dolorose traversie.

A seguito di questi eventi, si avvicendarono al governo del paese i Prefetti di Vico, i Signori di Bisenzio, le città di Orvieto e Viterbo, i capitani di ventura Fra' Moriale e Angelo da Lavello detto Tartaglia. Successivamente le Famiglie Orsini e i Farneseche si alternarono nel governo del Paese, finche', nel 1537, Marta verra' inclusa nel Ducato di Castro, costiutuito da papa Paolo III per il figlio Pierluigi, e vi rimarra' fino alla distruzione dello stesso, nel 1649, ad opera delle truppe pontificie di Innocenzo X Pamphili.

Tornata sotto la giurisdizione della Camera Apostolica, Marta resterà in possesso della Santa Sede fino all'unita' d'Italia. Tranne che per due brevi priodi in cui fu concessa in enfuteusi al marchese Pietro della Fargna (1788) e al principe polacco Stanislao Poniatowsky.

Nel 1927 venne distaccata dalla provincia di Roma e assegnata alla costituenda provincia di Viterbo.